Бывший председатель правления ОАО "НК "ЮКОС" был задержан 25 октября 2003 года. По мнению следствия, Ходорковский давал указания председателю Совета директоров ЗАО "МФО "Менатеп" Платону Лебедеву относительно хищения 20% акций компании "Апатит" и перепродажи продукции компании на мировом рынке по ценам, вдвое превышавшим отпускные внутрироссийские цены. Своими действиями они нанесли ущерб государству на сумму около 500 миллионов долларов. 31 мая 2005 года Ходорковский и Лебедев в рамках объединенного дела были приговорены к 9 годам лишения свободы каждый.
5 февраля 2007 года Ходорковскому и Лебедеву были предъявлены новые обвинения по двум статьям УК РФ: хищение путем присвоения и легализация (отмывание) денежных средств. 30 декабря 2010 года Хамовнический суд Москвы назначил им наказание в виде 13,5 года колонии. Однако поскольку Ходорковский и Лебедев не отбыли полгода наказания по первому приговору, то окончательно суд приговорил их к 14 годам. 20 декабря 2013 года президент РФ Владимир Путин подписал указ о помиловании экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского. Указ вступил в силу со дня подписания. В этот же день Ходорковский покинул колонию. 23 января 2014 года президиум Верховного суда РФ снизил наказание Ходорковскому и Лебедеву, Лебедеву — до уже отбытого срока.
